GKII Kaltim sebagai pendiri, pemilik dan penyelenggara STT Tenggarong adalah salah satu Wilayah pelayanan Gereja Kemah Injil Indonesia yang terbentang dari Sabang sampai Merauke dan ini sebagai wujud dari misi besar Dr. R.A. Jaffray yang telah meletakkan dasar sejarah berdirinya Gereja Kemah Injil di Indonesia tahun 1928, di mana visi dan misi pelayanan beliau diaktualisasikan melalui tiga pilar Pelayanan, yaitu: Pelaksanaan Amanat Agung Yesus Kristus dengan membuka Pos PI dan mendirikan gereja di beberapa Wilayah atau Daerah seluruh Indonesia termasuk Wilayah GKII Kaltim sebagai wilayah yang pertama dikunjungi dan dilayani oleh Dr. R.A Jaffray di Indonesia, dan mendirikan Lembaga Pendidikan Teologi di Makassar yang dikenal dengan Sekolah Alkitab Makassar (SAM) sebagai upaya menyiapkan tenaga penginjil dan gembala sidang atau pemimpin-pemimpin gereja, serta mendirikan penerbitan yang dikenal dengan Penerbit Kalam Hidup yang berlokasi di Bandung Jawa Barat sebagai upaya pengadaan sarana dan fasilitas buku-buku bacaan rohani penunjang kebutuhan Sekolah Teologi dan kebutuhan anggota gereja-gereja yang ada di Indonesia khususnya di kalangan GKII.
Untuk mewujudkan dan mengembangkan misi itu maka GKII Wilayah Kaltim sadar akan kebutuhan gereja untuk mendapat tenaga penginjil dan gembala di Wilayah Kaltim khususnya dan Indonesia pada umumnya, selain itu juga adanya pertimbangan biaya yang cukup mahal kalau siswa atau mahasiswa harus sekolah di Makassar pada waktu itu. Dengan demikian didirikanlah Sekolah Teologi di Tenggarong yang dimulai dengan Sekolah Teologi Pertama (STP) dan Sekolah Teologi Atas (STA) yang kemudian menjadi cikal bakal berdirinya Sekolah Tinggi Teologi Tenggarong (STTT) pada tanggal 5 Februari 1988 sampai sekarang tetap eksis.